Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh dengan keterbatasan tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan ke universitas ternama di Amerika Serikat, meskipun pencapaiannya di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari Presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh sengketa politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan terhadap rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh badan intelijen.
Pendidikannya berlanjut di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepakbola, debat, dan catur, serta menjabat sebagai redaktur kepala majalah sekolah. Pada waktu itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
