Pada Rabu, 5 Februari 2025, Menteri Hak Asasi Manusia, Natalius Pigai, mengungkapkan pandangannya terkait rencana Presiden Prabowo Subianto yang akan memberikan amnesti kepada narapidana politik di Papua. Menurutnya, amnesti tersebut tidak akan diberikan kepada narapidana politik yang membawa senjata. Pigai menjelaskan hal ini dalam rapat kerja bersama Komisi XIII DPR RI di Jakarta Pusat.
Dalam pertemuan itu, Pigai menyatakan bahwa amnesti untuk narapidana politik di Papua ditujukan untuk menciptakan perdamaian dan rekonsiliasi tanah Papua. Dia melanjutkan dengan menjelaskan bahwa amnesti hanya akan diberikan kepada narapidana politik yang telah terlibat dalam penyebaran ideologi makar, bukan kepada yang membawa senjata.
Pigai juga menegaskan bahwa keputusan untuk tidak memberikan amnesti kepada narapidana politik Papua yang bersenjata bukanlah tindakan diskriminasi. Menurutnya, hal ini adalah langkah yang diambil untuk memastikan bahwa penerima amnesti tidak akan kembali melakukan tindakan yang melanggar hukum. Pigai menegaskan bahwa mereka sebagai pembela hak asasi manusia berusaha untuk memastikan keputusan yang diambil akan membawa dampak positif bagi masyarakat Papua.
Selain itu, Istana juga merespons ancaman dari kelompok separatis Organisasi Papua Merdeka (OPM) terkait program makan bergizi gratis yang menjadi prioritas Presiden Prabowo Subianto. Kelompok tersebut mengancam akan membakar sekolah di Papua sebagai bentuk protes terhadap program tersebut. Seperti yang dilaporkan oleh VIVA.co.id pada tanggal 5 Februari 2025.